生的蛋清是蛋白质和许多其他小分子的水溶液，蛋白质分子因为本身的疏水基团暴露在外面而彼此分开，光线能够比较顺畅地通过，蛋清看起来半透明。

水煮鸡蛋时蛋清中的蛋白质受热变性，分子结构松散，长长的肽链彼此铰在一起，形成紧密的网，光难以穿过，呈现白色。

皮蛋是用含有生石灰、纯碱、草木灰等的灰，裹在鲜鸡蛋表皮，在18～24℃的环境温度下密封反应得到，反应时生成的强碱（NaOH、KOH）渗入鸡蛋中使得蛋白质变性并放出硫化氢气体，硫化氢气体进一步与蛋清和蛋黄中的矿物质作用生成各种硫化物，于是蛋清和蛋黄的颜色发生了变化，蛋清呈透明的茶褐色、蛋黄则呈墨绿色。